农历三月初三从古以来称为“上巳日”。因按地支排列一月中有三个巳日，三月初三多逢巳日，又在上旬，故名。因在农历三月上旬的第一个巳日，故称上巳。上巳节亦名元巳、三巳、除巳、上除等。
关于上巳的起源，梁吴均的《续齐谐记》记载了晋代两位尚书郎挚虞、束皙在晋武帝面前的争论故事。挚虞以为，上巳节源于汉章帝时平原徐肇亡女之事。据说平原徐肇，三月初生三女，至三日全部亡故。一村人觉得很奇怪，于是纷纷相携至水滨盥洗以驱除不祥，遂因水以泛觞，曲水之义起于此；束皙却认为：周公城洛邑，因流水以泛酒和秦昭王三日置酒河曲，见有金人出奉水心剑，这两事才是本源。而“二汉相缘，皆为盛集”。大概是朴实的解释更可信吧，争论的结果是挚虞得赐“金五十斤”，而束皙却左迁为阳城令。不过，真正的起源有可能普通到没有故事，仅仅是上古人们的一种习惯。
上巳的名称首见于汉代的古籍，名称大概定于汉代。《汉书·礼仪志》：“三月上巳，官民皆洁于东流水上，曰洗濯祓除去宿垢痰为大洁。”
汉代及以前虽已经把上巳定为正式节日，使古老的祓禊活动有确定的时间，但农历三月上巳每年都不固定，为了方便和统一，魏晋后干脆将上巳节定在了三月初三日，《晋书·礼志》：“汉仪，季春上巳，官及百姓皆禊于东流水上，洗濯祓除去宿垢。而自魏以后，但用三日，不以上巳也。”虽然不局限于巳日，但上巳的节名却固定不变。
有认为“上巳”为“上己”之误，指出古人记日用天干而不用地支，比如上辛上戊，假设非要用地支的纪法，那么首午尾卯，上旬又怎么有巳日呢？这种说法见《癸辛杂识》。
古代帝王都在这一天祭天。战国时郑国三月三日都要到溱、洧两水之上去招魂、祭祀。鲁国三月三日在沂水水滨洗濯除污。所以上巳日自下而上的祭天，招魂举动古已有之。汉时，朝廷曾下令官吏、百姓都到河边去洗涤污垢，祭祀祖先。
南朝萧齐皇帝在三月三日这天穿了常服，乘车到演武场升座，先受太子及百官的朝贺，然后设宴宴饮，最后皇帝还亲自骑马射箭，接着百官也一一骑射。
隋朝时这一天在皇宫北三里筑一座四尺高的天坛，皇后率领三宫嫔妃，内外命妇用牛在此祭天。
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